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Desde el Congo hasta Chile, los pequeños laboratorios están desempeñando un papel cada vez más importante en la comprensión global de COVID

En marzo llegó la millonésima secuencia genética del nuevo coronavirus Chile; A finales de mayo, 2 millones de México; En agosto, 3 millones de Singapur; Y en septiembre, 4 millones de República del congo.

En todo el mundo, los científicos han estado corriendo para rastrear la propagación del virus SARS-CoV-2, desde enero de 2020, incluso antes de que tuviera un nombre. Lo hicieron compartiendo información genómica crítica entre ellos casi en tiempo real, a través de la Iniciativa Global de Ciencia de Datos, GISAID. Ahora ha pasado una marca significativa, que contiene más de 4 millones de secuencias genómicas, más que cualquier otro patógeno.

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“Fue solo trabajo y trabajo y trabajo”, dijo Stephanie Goya, científica del Hospital Infantil Ricardo Gutiérrez en la capital argentina, Buenos Aires.

El hospital alberga uno de los principales laboratorios del país para secuenciar, monitorear y monitorear COVID-19.

Las secuencias genómicas proporcionan información importante. Cada vez que un virus infecta a alguien, su código cambia bastante, como un pequeño error tipográfico o un rasguño en el automóvil. A veces, cambia de una manera más significativa. Estos detalles brindan a los científicos pistas importantes sobre brotes y variantes, e incluso Vacunas y su efectividad.

Sin embargo, para comprender lo que está sucediendo, incluso a nivel local, los investigadores necesitan datos rápidamente, de todo el mundo.

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«Este era un virus nuevo, y no hay un libro de texto sobre este virus, ¿verdad? Así que realmente confiamos en la World Wide Web».

Houria Tajali, investigadora, Universidad de KwaZulu-Natal, Durban, Sudáfrica

«Este era un virus nuevo, y no hay un libro de texto sobre este virus, ¿verdad? Entonces, realmente confiamos en la World Wide Web», dijo Houria Tigali, investigadora de la Universidad de KwaZulu-Natal en Durban, Sudáfrica.

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Los esfuerzos permitieron a Tegally y sus colegas comparar las secuencias de virus de otros lugares y Haz un descubrimiento importante A finales del año pasado: variable beta.

«Justo cuando estábamos haciendo nuestra secuenciación y reporte semanal de rutina, comenzamos a ver algunas diferencias muy interesantes y preocupantes en los genomas que vemos en una parte del país», recuerda.

El grupo intensificó sus análisis y notó que más casos estaban relacionados con esta variación en el virus. Los científicos de otros lugares respondieron rápidamente, buscando los efectos de esta alternativa, probando vacunas contra ella y modificando los tratamientos.

«Estaba sucediendo justo frente a nuestros ojos, y el tipo de monitoreo que hemos estado haciendo durante los últimos meses finalmente está cumpliendo un gran propósito», dijo.

En los últimos meses, esa red mundial de científicos ha estado intercambiando información tiene agujeros, con más y más laboratorios desarrollando este tipo de capacidad.

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Christian Happy, el virólogo responsable de la gestión del sitio Centro Africano de Excelencia en Genómica de Enfermedades Infecciosas en un Universidad Redentor en Nigeria.

El verano pasado, Happy Group con la Organización Mundial de la Salud y los Centros Africanos para el Control y la Prevención de Enfermedades, 20 científicos capacitados, desde Túnez hasta Somalia y Ruanda, sobre cómo realizar la secuenciación.

Happy estima que ahora, al menos la mitad de los países de África son capaces de realizar algún nivel de secuenciación genética local. Es un marcado contraste con lo que era hace unos años durante el brote de ébola en África occidental, cuando solo su laboratorio pudo hacerlo. En cambio, los científicos tuvieron que enviar sus muestras a otro lugar, lo que podría provocar retrasos significativos en la información.

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Puede parecer contradictorio, que todos estén dispuestos a compartir su investigación con otros en todo el mundo. Es un equilibrio delicado, dijo Happy. A él y a otros científicos, especialmente en países de bajos ingresos, les preocupa que sus esfuerzos puedan ser explotados y utilizados para fabricar cosas como vacunas sin ningún beneficio para sus comunidades.

«Desafortunadamente, también vimos una situación en la que las personas se aprovecharon de esos datos y dieron con la solución, y se negaron a compartir la solución con quienes compartieron los datos».

Christian Happy, virólogo y director, Centro Africano de Excelencia en Genómica de Enfermedades Infecciosas, Universidad Redeemer, Nigeria

«Desafortunadamente, también vimos una situación en la que las personas se aprovecharon de esos datos y dieron con la solución, y se negaron a compartir la solución con quienes compartieron los datos», dijo Happy. «Esto sin duda conducirá a un declive en el principio de compartir y acceder a todos los datos abiertos».

demás Bases de datos genómicas globales Estos incluyen los del Instituto Europeo de Bioinformática, el Banco de Datos de ADN en Japón y los Institutos Nacionales de Salud de los Estados Unidos. Fomentan la transmisión de datos tanto en bruto como secuenciales sin restricciones sobre cómo se pueden utilizar.

GISAID, el anfitrión de la plataforma de secuenciación genética más utilizado, es una organización sin fines de lucro formada por International Pandemic Group, para rastrear la influenza. Requiere que los científicos se atribuyan el mérito de su trabajo si otros lo utilizan para sus propias investigaciones. Esto es muy útil para investigadores como Francine Ntomy, fundadora de Fundación Congoleña para la Investigación Médica cuyo laboratorio fue responsable de 4 millones de secuencias.

«Significa que estamos en el juego. Podemos decir lo que se está intercambiando … ya no eres un observador, y creo que eso marca la diferencia».

Francine Ntoumi, fundadora de la Fundación Congoleña para la Investigación Médica

«Significa que estamos en el juego. Podemos decir lo que se está intercambiando», dijo Ntomi. «Ya no eres un observador, y creo que eso marca la diferencia».

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Después de mucho trabajo para construir infraestructura y recaudar dinero, su grupo comenzó a serializarse en junio pasado. Ntomi dijo que la información que pudieron recopilar, como darse cuenta de la presencia de la variante delta más transmisible, fue invaluable.

Le gustaría hacer más análisis, pero el principal desafío allí, como en otros países de bajos ingresos de todo el mundo, es el acceso a las tecnologías. La cadena de suministro es muy limitada. Esto significa que todos los componentes necesarios para hacer secuencias, por ejemplo, deben importarse. Esto cuesta de tres a cuatro veces más de lo que costaría en Europa o Estados Unidos, dijo Ntomi.

Comparado con el Más de un millón de secuencias Que lugares como el Reino Unido comparten con el mundo, las secuencias de unos cientos de muestras en la República del Congo también pueden parecer una gota en el balde. Sin embargo, Ntomi y otros dicen que llena puntos ciegos cruciales para sus comunidades y el mundo.

La importancia de que un pequeño laboratorio en África Central ayudó a alcanzar este hito global de 4 millones de secuencias, no pasó desapercibida para ella. Ella espera que el impulso continúe creciendo a nivel mundial a medida que los científicos se preparan para futuras variables y virus.

«Estábamos muy felices y muy felices», dijo Ntomi. «Contribuyes con tu información a la ciencia mundial».